在矩阵的源头中，尼奥见到了矩阵的幕后大BOSS：架构师！
他是矩阵的建立者。矩阵内的一切，都是出于他之手。
尼奥的真实身份，也在这一刻呼之欲出！
“你的存在，汇集了矩阵编程时产生的所有不平衡因素。你是程序异常的产物，我费尽全力，还是不能消除这些异常。”架构师面无表情，淡淡道：“虽然我极力避免产生异常，却也做了准备。因此你的到来，完全在我的掌控之中。”
看到这里，观众们终于明白了尼奥的来历，同时心里也泛起了惊涛骇浪。
主角，真特么就是一个系统的BUG啊，真特么不是一个纯粹的人类啊！
但还没等观众细细消化这段秘闻，架构师后面的话再次毁了所有人的三观。
“矩阵的历史远比你了解的久远....”
“现在的矩阵，已经是第六版。”
也就是说，在之前，还有五个版本的矩阵。尼奥之前，也还有五个救世主！
构架师解释道：“我设计的第一版矩阵十分完美，是一件艺术品....”
但是，就是太过完美，反而导致了第一版的崩溃。因为人类固有的性格缺陷导致他们根本不可能生活在一个完美无瑕的世界。
贪婪，骄傲，色欲，愤怒等等各种人类的缺陷让他们不可能和平的生活。
就像华夏的共产主义，根本就不可能实现一样。
所以，构架师根据人类的历史，模仿21世纪初，设计了一个不那么完美的现代社会，以供人类生存。
这样一来，系统总算稳定了一点，但是，最后还是崩溃了。
因为人类自由的天性，即便99%的人潜意识接受虚拟世界，总特么有1%的人会产生与之对立的系统性异常。
这些人，就是觉醒者。
所以，为了处理这些拒绝接受系统的人，机器人设立了锡安！
而每当锡安的人数达到一定数量时，机器人就会派出大军去消灭殆尽！
这一次，便是第六次消灭锡安！
“救世主的作用，就是在此时返回源头，将你身上的部分代码，重新注入主程序。”架构师冷漠道，“之后，你再挑选23命人类，16名女性，7名男性，重建锡安！”
“如果不这样做，系统将会出现崩溃，并杀死所有与矩阵链接的人，再加上锡安的毁灭，人类将彻底灭绝！”
“你的五位前辈，都是基于对人类反应的预测进行设计的，这先入为主的设定，让他们对人类产生了眷恋，以促使他们完成救世主的义务。”
“不过，其他几位救世主的眷恋是广义的，你的却要具体的多....”
“也就是..爱！”
与此同时，屏幕中，电影最开始出现的女主陨落的那一幕幕镜头真实的发生了。
安妮，即将死亡....
所以，此刻的主角面临着及其艰难的选择。
“这里有两扇门，你右手边的门通往源头，可以拯救锡安。左手边的门可以带你回到矩阵，去找她。”
“但人类，也将随之灭亡！”
看到这里，一个又一个幕后的秘密被揭晓，观众们也是被这一个接一个高潮震撼地无以复加。
人类，被前前后后灭掉了五次？
救世主，就是为了解决系统的BUG，然后带着23个人类重建被毁灭的锡安，开启第七个版本？
“卧了个槽！”
“原来锡安是机器人为了处理这些不稳定因素，故意让救世主建立的。”
“神特么第一代救世主解放了人类，这尼玛就是机器人的阴谋。”
“卧槽，这幕后也太惊悚了吧？”
“我只想知道这一次的主角会怎么选。这一次，他和前几个救世主不一样，他被机器人注入了新的元素，爱。结果呢，会不会不一样？不是说爱情的力量是最伟大的吗？”
“呀呀呀，这到底怎么选啊。一边是自己的爱情，一边是人类存亡的大义！”
“之前的救世主都选择救人类，这一次.....”
这一次....
正如架构师看穿尼奥一样，尼奥的脑袋里产生一系列化学反应，产生了一系列电信号，最后生成一种可以压倒逻辑和理性的情绪。
简而言之，尼奥被爱情冲昏了头脑。
所以最后，他选择了左边的门，选择了通往矩阵可以寻找安妮而不是通往源头可以拯救人类的门。
而且，在安妮即将砸落在车顶的瞬间，尼奥从天飞过，如同超人一般，将安妮救起。
最后，尼奥挽救了自己的爱情。
但是，人类呢？
他没有回到源头，这样一来，系统的崩溃会杀死所有与矩阵链接的人，而现实世界，机器人大军也会灭掉锡安。
这样一来，人类这个物种就真的灭绝了。
而且死无葬身之地！
之后，尼奥和安妮回到现实世界。刚一回来，屁股还没坐热，机器人大军就找到他们的飞船，并将其摧毁。
逃亡时，尼奥却是无意中感受到在现实世界里，自己也拥有着控制程序的力量。
所以，他一招手，无数机器人仿佛系统出故障一般，倒地不起。
但尼奥自己也晕厥了过去，不知道刚才那一招消耗了他太多的精神力，还是他作为系统的BUG，自身出了故障。
电影的最后一幕，尼奥被赶来救援的飞船带走，在一张病床上，尼奥闭着眼睛，昏迷不醒。
在他的旁边，同样躺在病床上，那个被雨果侵蚀，并来到现实世界的复制体却是悄然动了一下手指。
至此，第二部结束。
矩阵的奥秘被揭晓，但是人类这个物种却是处于被灭绝的境地。
高潮，依然还未完结！